А вот то, что от этого могут потерять системные партии, – это факт. Их электорат может еще попросту не вернуться из отпусков. Энтузиастов мало.
Низкая явка сейчас будет на руку именно оппозиции: чем меньше избирателей у нынешних думских партий, тем больше на этом фоне их будет у оппозиции. 
Кстати, последние выборы мэра Москвы как раз показали, что при правильной кампании в сентябре шансы демократического кандидата могут быть весьма велики. Так что еще посмотрим, кто кого и когда.

UPD. Подумал вот еще что: есть одна опасность для оппозиции, которая сразу не так очевидна. Если выборы в Думу по-прежнему будут в декабре, то малые партии, получившие места в региональных парламентах в сентябре 2016 года на досрочных выборах, смогут не собирать подписи для федеральных выборов.
И с этими партиями власть тогда уже ничего не сможет сделать: новые фильтры после сентября 2016 года по закону ввести уже не успеют.
А вот если Думу все же будут избирать в сентябре 2016 года – тогда нынешний год станет последним, когда оппозиция сможет получить «проходной» результат в регионах для будущей федеральной кампании.
То есть, предположим, в 2015 году в региональные парламенты проходят 5 новых партий. Власть смотрит – и специально под них делает новый фильтр, заведомо отсекающий всех, кто для нее «лишний». В таком варианте думские выборы в сентябре во многом могут стать игрой в одни ворота.
UPD-2. Губернаторов у нас досрочно меняют каждый год, по планам и в 2016 году. В этом случае могла быть ситуация, когда при досрочных выборах в регионах бы избирали в сентябре тоже. Не просто так и в администрации президента, и в ЛДПР мотивируют перенос экономией средств.